Viện Khoa học và Công nghệ Môi trường (INEST) được xây dựng và phát triển từ một nhóm chuyên đề về Kỹ thuật Bảo vệ Môi trường, thuộc Khoa Công nghệ Hóa học (năm 1984), năm 1990 chuyển thành Bộ môn Môi trường, Khoa Vô cơ - Điện hóa - Môi trường, năm 1994 tách ra thành Trung tâm Khoa học và Công nghệ Môi trường và đến năm 1998 là Viện Khoa học và Công nghệ Môi trường ngày nay.

Hiện nay, Viện Khoa học và Công nghệ Môi trường có hai Bộ môn: Công nghệ Môi trường và Quản lý Môi trường. Trong quá trình phát triển, Viện đã được Nhà nước đầu tư Phòng Thí nghiệm Nghiên cứu và Phát triển Công nghệ Môi trường và hai Trung tâm: (1) Trung tâm Sản xuất sạch, từ năm 1998 đến nay có chức năng đầu mối của Việt Nam thực hiện Dự án “Trung tâm Sản xuất sạch Việt Nam” VIE/96/03 do UNIDO điều hành với sự tài trợ của SECO Thụy Sĩ, và (2) Trung tâm Quan trắc Môi trường và Kiểm soát Ô nhiễm Công nghiệp, từ năm 2000 đến nay, Trung tâm thực hiện nhiệm vụ quan trắc môi trường công nghiệp trong mạng lưới quan trắc môi trường quốc gia.

Hiện nay, Viện Khoa học và Công nghệ Môi trường đang đào tạo trình độ Kỹ sư và Thạc sĩ hai chuyên ngành Công nghệ Môi trường và Quản lý Môi trường theo chương trình khung đào tạo ngành Kỹ thuật Môi trường của Bộ Giáo dục và Đào tạo, đồng thời đào tạo Tiến sĩ 3 chuyên ngành: Công nghệ Môi trường nước và nước thải, Công nghệ Môi trường không khí, Công nghệ Môi trường chất thải rắn. Viện đã và sẽ tiếp tục là trung tâm đào tạo chất lượng cao ngành môi trường hàng đầu ở Việt Nam và hội nhập thành công với các trường đại học trong khu vực. Tính đến nay, Viện đã đào tạo gần 1400 kỹ sư Công nghệ Môi trường và Quản lý Môi trường, 400 thạc sĩ Công nghệ Môi trường và 10 tiến sĩ về Môi trường, biên soạn được hàng chục bộ giáo trình dùng cho sinh viên, học viên cao học và nghiên cứu sinh thuộc lĩnh vực Môi trường của trường Đại học Bách Khoa Hà Nội cũng như các trường Đại học khác.

Các Kỹ sư Công nghệ Môi trường và Quản lý Môi trường được đào tạo tại Viện Khoa học và Công nghệ Môi trường có thể làm việc tại các cơ quan quản lý Nhà nước, các cơ quan đào tạo và nghiên cứu, các doanh nghiệp và các tổ chức nước ngoài. Chương trình đào tạo tập trung vào việc giải quyết các vấn đề ô nhiễm trong công nghiệp, đặc biệt là khả năng phát hiện và giải quyết giảm thiểu nguồn phát sinh ô nhiễm, cũng như chuyển giao công nghệ xử lý nước thải, khí thải, chất thải rắn công nghiệp, công nghệ tái chế chất thải. Bên cạnh đó, chương trình đào tạo còn trang bị cho học viên các kiến thức về sản xuất sạch, tiết kiệm năng lượng, sử dụng các công cụ quản lý môi trường hướng tới một môi trường phát triển bền vững cho Việt Nam.

Sinh viên theo học chương trình của Viện Khoa học và Công nghệ Môi trường được khuyến khích tham gia nghiên cứu khoa học ngay từ những năm đầu để có điều kiện tiếp cận với các vấn đề môi trường thực tế và nâng cao kỹ năng nghề nghiệp. Kết quả nghiên cứu khoa học của các khóa sinh viên Viện trong những năm qua là nhiều giải thưởng cao của Bộ Giáo dục và Đào tạo, quỹ sáng tạo VIFOTEC, giải thưởng SONY Xanh, giải thưởng sáng tạo của Ngân hàng Thế giới, v.v.

Trong giai đoạn 2000-2008, Viện đã thực hiện được 7 đề tài và nhánh đề tài nghiên cứu khoa học cấp Nhà nước, gần 100 đề tài cấp Bộ, Tỉnh thành và tương đương, 41 đề tài cấp Trường. Viện có quan hệ hợp tác với nhiều tổ chức đào tạo và nghiên cứu khoa học ở nhiều nước như Anh, Pháp, Mỹ, Đức, Bỉ, Hà Lan, Thái Lan, Nhật, Hàn Quốc, Đài Loan, v.v.