Viện có chức năng và nhiệm vụ (sứ mạng) phát triển “Đào tạo và nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực Khoa học và Công nghệ Môi trường” tại Trường Đại học Bách Khoa Hà Nội. Đây là một lĩnh vực mới mang tính liên ngành cao, đòi hỏi năng lực tổ chức và xây dựng mối quan hệ hợp tác rộng mở trong quá trình xây dựng và phát triển. Hoạt động của viện tập trung vào các mục tiêu sau:

• Đẩy mạnh nghiên cứu và phát triển lĩnh vực khoa học và công nghệ môi trường phục vụ phát triển bền vững công nghiệp của đất nước;
• Đào tạo nguồn nhân lực các bậc đại học (Kỹ sư), Thạc sĩ và Tiến sĩ ngành Khoa học và Kỹ thuật môi trường phục vụ cho phát triển ngành công nghiệp môi trường Việt Nam.
• Phát triển các dịch vụ môi trường. Đồng thời cung cấp các khoá đào tạo ngắn hạn về kỹ thuật, công nghệ và quản lý môi trường, góp phần nâng cao nhận thức về bảo vệ môi trường trong cộng đồng;
• Xây dựng và phát triển hợp tác với các tổ chức, các cá nhân trong và ngoài nước trong hoạt động bảo vệ môi trường và phát triển bền vững.

Trong quá trình hình thành và phát triển, Viện Khoa học và Công nghệ Môi trường luôn coi đào tạo và nghiên cứu là nhiệm vụ chủ yếu và phấn đấu để trở thành một đơn vị đào tạo đại học, sau đại học và nghiên cứu khoa học chất lượng cao về Kỹ thuật môi trường ở Việt Nam, hội nhập thành công với các trường đại học trong khu vực.

Hai vấn đề chính được Viện đặc biệt quan tâm là đào tạo đội ngũ cán bộ giảng dạy chất lượng cao và gắn kết nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ với quá trình giảng dạy để đào tạo cán bộ phù hợp với nhu cầu phát triển của đất nước. Các cán bộ giảng dạy của Viện, đa số được đào tạo tại các nước đã phát triển, có rất nhiều kinh nghiệm trong nghiên cứu, giảng dạy và chuyển giao công nghệ, đã xây dựng được các chương trình đào tạo phù hợp với các yêu cầu thực tế đặt ra của ngành kỹ thuật môi trường. Sinh viên theo học chương trình đào tạo tại Viện Khoa học và Công nghệ Môi trường được thực hiện nhiều giờ thực hành, thí nghiệm gắn liền với môn học, được đi thực tập tại cơ sở sản xuất và được khuyến khích tham gia nghiên cứu khoa học để có điều kiện tiếp cận với các vấn đề môi trường thực tế và nâng cao kỹ năng nghề nghiệp.