Lĩnh vực nghiên cứu
Các hướng nghiên cứu chính của Viện:
 
-       Khảo sát, đánh giá hiện trạng môi trường;
-       Phân tích, quan trắc chất lượng môi trường;
-       Xử lý nước cấp cho sinh hoạt, công nghiệp và dịch vụ, xử lý chất thải công nghiệp và chất thải sinh hoạt (rắn, lỏng, khí);
-       Thu hồi và tái sử dụng chất thải sinh hoạt và công nghiệp;
-       Khoa học môi trường (hóa học, độc học, sinh thái học, v.v.);
-       Xây dựng chính sách, chiến lược, quy hoạch, kế hoạch hành động về bảo vệ môi trường và năng lượng;
-       Nghiên cứu và ứng dụng sản xuất sạch hơn và các giải pháp tiết kiệm năng lượng trong lĩnh vực công nghiệp;
-       Phát triển và ứng dụng các công cụ kinh tế và pháp luật trong quản lý môi trường.
Bên cạnh việc tham gia tích cực vào các chương trình, nhiệm vụ của nhà nước trong nghiên cứu và triển khai các công nghệ, giải pháp bảo vệ môi trường trong đời sống xã hội, Viện Khoa học và Công nghệ môi trường còn là đơn vị khởi xướng và đi đầu trong nhiều lĩnh vực nghiên cứu triển khai những vấn đề mới trong bảo vệ môi trường, bao gồm:
-       Xây dựng và triển khai chương trình áp dụng sản xuất sạch hơn cũng như tiết kiệm năng lượng cho các cơ sở công nghiệp;
-       Nghiên cứu và giải quyết các vấn đề môi trường tại các làng nghề Việt Nam;
-       Nghiên cứu và phát triển các công nghệ thân thiện môi trường và công nghệ thích hợp để xử lý chất thải;
-       Tái chế chất thải công nghiệp, sinh hoạt;
-       Áp dụng hạch toán quản lý môi trường vào điều kiện Việt Nam.
Hiện tại hoạt động nghiên cứu khoa học của Viện, ngoài nghiên cứu triển khai thuần túy còn đẩy mạnh hướng nghiên cứu khoa học, công nghệ môi trường chuyên sâu và các vấn đề môi trường mang tính khu vực hoặc liên ngành.